工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德的目标是江户幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。与此同时，西部名侦探服部平次和柯南一行人也因为剑道大会来到了函馆。在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍。同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被称为“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商，他一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。

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怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……

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