工藤新一变回小孩后，寄居在毛利兰家，与毛利小五郎一起追查黑衣人下落，并与小学生侦探团一起对抗罪犯。

工藤新一是一位经常帮助警察破案的17岁高中生侦探；某天新一和他的青梅竹马毛利兰在主题乐园游玩期间目击一位黑衣人正在进行的交易行动，他独自前往交易现场时太过于专注窥视而忽略黑衣人的同伙在自己背后，因此新一遭到击昏并且遭灌下代号为“APTX-4869”的神秘药物，虽然侥幸免难却发现自己变成小学生的模样。新一为了不让黑暗组织的成员发现他还没死使得自己的亲朋好友陷入危险当中，于是在邻居阿笠博士的建议下化名为江户川柯南寄住在小兰的父亲毛利小五郎家中。同时化名柯南的新一凭借著过人的推理能力以及使用阿笠博士为自己所发明的各种道具让小五郎成为全日本知名的名侦探“沉睡的小五郎”，他借由平时的案件调查找寻有关黑暗组织的线索与情报，借此找出让自己能够恢复原状的解药。

工藤新一是一位经常帮助警察破案的17岁高中生侦探；某天新一和他的青梅竹马毛利兰在主题乐园游玩期间目击一位黑衣人正在进行的交易行动，他独自前往交易现场时太过于专注窥视而忽略黑衣人的同伙在自己背后，因此新一遭到击昏并且遭灌下代号为“APTX-4869”的神秘药物，虽然侥幸免难却发现自己变成小学生的模样。新一为了不让黑暗组织的成员发现他还没死使得自己的亲朋好友陷入危险当中，于是在邻居阿笠博士的建议下化名为江户川柯南寄住在小兰的父亲毛利小五郎家中。同时化名柯南的新一凭借著过人的推理能力以及使用阿笠博士为自己所发明的各种道具让小五郎成为全日本知名的名侦探“沉睡的小五郎”，他借由平时的案件调查找寻有关黑暗组织的线索与情报，借此找出让自己能够恢复原状的解药。

讲述了小兰的朋友铃木园子家的铃木财团准备展出沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，这颗彩蛋里收藏了沙皇一家的珍贵照片，极为珍贵。然而，在展出之前，怪盗基德发来了预告函，表明他将在展览中盗取彩蛋。柯南、毛利小五郎以及服部平次等人决定联手阻止怪盗基德的计划。

《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》是根据青山刚昌创作的漫画《名侦探柯南》改编的动画电影。故事讲述了工藤新一化名江户川柯南，以小学生身份展开推理的故事。新一收到世界知名建筑家森谷帝二教授的茶会邀请，但因无法以新一的身份出席，便让毛利兰代替自己前往。然而，一系列爆炸事件突然发生，神秘的炸弹狂魔向柯南发起了挑战。柯南必须在有限的时间内找到并拆除炸弹，同时保护小兰和其他人的安全。最终，柯南在小兰的帮助下，成功化解了危机。

在纽约的拍卖会上，铃木财团的铃木次郎吉以3亿美元拍下了梵高的名画《向日葵》，并计划在日本举办一场前所未有的《向日葵》主题展览。然而，怪盗基德突然出现并留下预告函，声称要盗走这幅画。不久后，载有《向日葵》的飞机在飞往日本途中遭到袭击，画作被盗，飞机发生爆炸。为保护画作，铃木财团召集了以毛利小五郎为首的“七大武士”团队，包括画作鉴定师宫台夏美、美术设计师岸久美子等。柯南和灰原哀也卷入其中，围绕这幅独一无二的名画，一场谎言与真实的艺术推理剧就此展开。

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍。

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍。

《名侦探柯南》1-5部讲述了高中生侦探工藤新一因意外变成孩童，化名柯南暗中追查神秘黑衣组织，同时协助警方破解连环奇案的故事。作品以紧凑推理、烧脑谜题和经典角色互动为亮点，融合悬疑与幽默，开启侦探漫画新纪元。

《名侦探柯南》第6-10部延续高中生侦探工藤新一的缩小冒险，化身江户川柯南破解密室杀人、连环谜案。借助阿笠博士的道具与毛利小五郎身份掩护，在少年侦探团协助下抽丝剥茧。暗藏的黑衣组织线索与人物羁绊渐深，推理逻辑与情感张力交织，展开高能智斗与人性考验。

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故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……

讲述了柯南和怪盗基德在新加坡被卷入滨海湾金沙酒店的杀人事件中，并寻找19世纪末随着沉船沉入海底的蓝宝石“绀青之拳”的故事。影片中，怪盗基德因被卷入谋杀案而需要柯南的帮助，两人在新加坡展开了一系列冒险，同时还要应对空手道高手京极真的挑战。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

由日本东宝公司于2004年4月17日推出的动画电影，该片是《名侦探柯南剧场版》的第八部。讲述了怪盗基德向知名舞台剧女演员牧树里预告将偷走“命运宝石”，牧树里只好向毛利小五郎求救。